Les initiations aux Mystères égyptiens comprenaient une phase ultime durant laquelle le candidat faisait l'expérience d'une mort symbolique. Allongé dans un sarcophage et maintenu par des procédés mystiques dans un état intermédiaire, il lui était donné de se dédoubler, c'est-à-dire de connaître une séparation momentanée entre son corps et son âme. Cette séparation avait pour but de lui montrer qu'il était bien un être double. L'ayant expérimentée, il ne pouvait plus douter que l'homme possède une nature spirituelle et qu'il est destiné à réintégrer le Royaume Divin. Après avoir fait la promesse de ne rien dévoiler de cette initiation et s'être engagé à suivre le sentier du mysticisme, il était graduellement instruit des enseignements les plus ésotériques qu'un mortel puisse recevoir.

Les Initiés de l'ancienne Egypte résumèrent une partie de leur sagesse sur les murs de leurs temples et sur de nombreux papyri. Une autre partie, non moins importante, fut secrètement transmise de bouche à oreille. Le célèbre égyptologue E. A. Wallis Budge, dans l'un de ses ouvrages, cite avec respect ces Écoles de Mystères. Il écrit à leur propos: « Un développement progressif a dû avoir lieu dans les Écoles de Mystères, et il semble que certaines d'entre elles étaient entièrement inconnues sous l'ancien règne. Il est impossible de douter que ces "Mystères" faisaient partie des rites égyptiens. On peut donc affirmer que l'Ordre élevé des Khéri-Hebs possédait une connaissance ésotérique et secrète que ses Maîtres gardaient jalousement. Chacun d'eux, si j'interprète bien l'évidence, possédait une gnose, une connaissance supérieure qui ne fut jamais confiée à l'écriture, et ils étaient ainsi à même d'accroître ou de réduire son champ d'action selon les circonstances. Il est par conséquent absurde de s'attendre à trouver sur les papyri égyptiens la description des secrets qui formaient la connaissance ésotérique des Khéri-Hebs ».

La Tradition rosicrucienne rapporte que le pharaon Thoutmôsis III (1504-1447 avant J.-C.), considéré par les historiens comme l'un des plus grands de la 18e dynastie, faisait partie des Initiés qui fréquentaient les Écoles de Mystères d'Égypte. A son époque, elles fonctionnaient d'une manière totalement indépendante et possédaient leurs propres règlements. Après avoir été désigné par les Khéri-Hebs pour succéder à son père sur le trône, Thoutmôsis III décida de regrouper toutes ces Écoles en un seul Ordre régi par les mêmes règles, afin d'en faire une Fraternité Unique. En raison de son intelligence et de sa sagesse, il fut choisi pour en être le Grand Maître et s'acquitta de cette fonction jusqu'à sa mort. Précisons qu'il fut le premier souverain à porter le titre de « Pharaon », ce qui est très significatif sur le plan mystique

D'Égypte, l'Ordre se répandit en Grèce, notamment par l'intermédiaire de Pythagore (572-492 avant J - C ), puis dans la Rome antique, sous l'impulsion de Plotin (203-270). C'est à l'époque de Charlemagne (742-814), grâce au philosophe Arnaud, qu'il fut introduit en France puis en Allemagne, en Angleterre et aux Pays-Bas. Pendant les siècles suivants, les Alchimistes et les Templiers contribuèrent à son extension, tant en Occident qu'en Orient. La liberté de conscience faisant souvent défaut, l'Ordre dut se dissimuler sous des noms divers et mener ses activités sous le sceau du secret. Cependant, il ne cessa jamais ses activités, perpétuant ses idéaux et ses enseignements, participant directement ou indirectement à l'avancement des arts, des sciences et de la civilisation en général, prônant toujours l'égalité des sexes et une fraternité véritable entre les hommes.

Dans certaines thèses portant sur l'histoire rosicrucienne, on se réfère à un personnage du nom de « Christian Rosenkreutz »(1378-1484) comme étant le fondateur de la Fraternité des Rose-Croix. C'est là une erreur. En réalité, l'Ordre existait déjà depuis des siècles, mais il fonctionnait par cycles d'activité de 108 ans, suivis chaque fois d'une période équivalente de sommeil. Lorsque le moment était venu de procéder à sa résurgence, des dispositions étaient prises pour annoncer l'ouverture d'un « tombeau » dans lequel le « corps » d'un « Grand Maître C.R.C. »se trouvait, avec des joyaux rares et des manuscrits qui habilitaient les auteurs de la découverte à procéder à son réveil pour un nouveau cycle d'activité. Cette annonce était allégorique, et les initiales« C.R.C . » ne désignaient pas une personne ayant existé. C'est à la lumière de ces explications qu'il faut considérer le légendaire Christian Rosenkreutz et son histoire.

C'est au dix-septième siècle que l'Ordre sortit de son anonymat, à la suite de la publication de trois Manifestes imprimés en Allemagne et en France. Il s'agit de la « Fama Fraternitatis », de la « Confessio Fraternitatis » et des « Noces chymiques de Christian Rosenkreutz », datant respectivement de 1614, 1615 et 1616. Ces trois Manifestes, mêlant des récits à la fois historiques et allégoriques, furent rédigés par un Collège de Rosicruciens éminents : « le Cercle de Tübingen », parmi lesquels se trouvait Valentin Andreae (1586-1654). Quelques années plus tard, en 1623, une affiche émanant du « Collège principal de la Rose-Croix » fut placardée dans les rues de Paris. Cette affiche marqua le début d'un nouveau cycle d'activité pour l'Ordre, qui se fit connaître alors publiquement sous le nom d' « Ordre de la Rose-Croix ».

En 1693, sous la conduite du Grand Maître Johannes Kelpius (1673-1708), des Rosicruciens venus de différents pays d'Europe embarquèrent pour le Nouveau Monde à bord de la « Sarah Maria ». Début 1694, ils débarquèrent à Philadelphie et s'y établirent. Quelques années plus tard, certains d'entre eux se rendirent dans l'ouest de la Pennsylvanie et fondèrent une nouvelle colonie. Après avoir créé leur propre imprimerie, ils éditèrent eux-mêmes un grand nombre de chefs-d'oeuvre de la littérature ésotérique et introduisirent en Amérique les enseignements Rose-Croix. C'est également sous l'impulsion de ces Rosicruciens européens que de nombreuses institutions américaines prirent naissance et que le monde des arts et des sciences connut un essor sans précédent aux Etats-Unis. Des personnages éminents comme Benjamin Franklin (1706-1790) et Thomas Jefferson (1743-1826) furent en contact étroit avec l'oeuvre rosicrucienne de ce pays.

Précisons qu'il existait au XVIII^e siècle un lien étroit entre la Franc-Maçonnerie et la Rose-Croix, notamment en Europe. C'est ainsi que des personnages comme Cagliostro (1743-1795), Jean-Baptiste Willermoz (1730-1824) et Martinès de Pasqually (1727-1774), qui eut pour disciple Louis-Claude de Saint-Martin (1743-1803), se rattachaient à ces deux Fraternités ésotériques. Par ailleurs, leurs membres menaient régulièrement des travaux en commun lors de certains convents. De nos jours, certaines obédiences maçonniques ont conservé le grade de " Chevalier Rose-Croix ". Cela dit, l'A.M.O.R.C. est totalement indépendant de la Franc-Maçonnerie et perpétue son héritage selon une méthode qui lui est propre, ce qui n'exclut naturellement pas qu'il y ait des Francs-Maçons rosicruciens.

En 1801, l'Ordre entra aux États-Unis dans une période de sommeil. Toutefois, il demeurait très actif en France, en Allemagne, en Angleterre, en Suisse, en Espagne, en Russie et en Orient. En 1909, Harvey Spencer Lewis (1883-1939), qui étudiait l'ésotérisme depuis de nombreuses années et qui s'intéressait particulièrement à la philosophie rosicrucienne, se rendit en France, afin d'y rencontrer les responsables de l'Ordre. Après avoir subi de nombreux examens et diverses épreuves, il fut initié à Toulouse et chargé officiellement de préparer la résurgence de l'Ordre de la Rose-Croix en Amérique, alors que la Première Guerre mondiale se profilait en Europe.

Lorsque tout fut prêt pour cette résurgence, un Manifeste fut publié aux États-Unis pour annoncer le nouveau cycle d'activité de l'Ordre, qui fut alors désigné sous l'appellation « Ancien et Mystique Ordre de la Rose-Croix » (A.M.O.R.C.). Régulièrement nommé Imperator, Harvey Spencer Lewis développa les activités de l'Ordre en Amérique et commença à mettre les enseignements rosicruciens par écrit, utilisant pour cela les archives que lui avaient confiées les Rose-Croix de France. Après la Seconde Guerre mondiale, cette méthode d'enseignement fut appliquée au monde entier. C'est ainsi que 1'A.M.O.R.C. devint le dépositaire de l'authentique Tradition Rose-Croix dans tous les pays où il pouvait exercer librement ses activités.

Élu par les membres du Conseil Suprême à la fonction d'Imperator, c'est actuellement un Français qui assume la plus haute responsabilité de l'A.M.O.R.C. A ce titre, il est le garant des activités rosicruciennes pour tous les pays du monde, assisté en cela par les Grands Maîtres des diverses juridictions. Précisons que le mot « Imperator » ne signifie pas « Empereur », comme on pourrait le croire. Ce mot, qui fut employé dès le XVIIe siècle pour désigner le responsable des Rose-Croix, provient du terme latin « Imperare sibi », qui signifie « Maître de soi ».