Sur le plan purement historique, les Rose-Croix sont apparus au XVIIe siècle, en Allemagne, en France et en Angleterre, avec la publication de trois Manifestes : la Fama Fraternitatis, la Confessio Fraternitatis et les Noces chymiques de Christian Rosenkreutz, parus respectivement en 1614, 1615 et 1616. De nos jours, nous savons que ces Manifestes furent rédigés par un Collège de mystiques, le Cercle de Tübingen, dont faisaient notamment partie Jean Valentin Andreae (1586-1654). Quelques années plus tard, en 1623, les Rose-Croix se firent connaître davantage encore avec le placardage d’affiches dans les rues de Paris : « Nous, Députés du Collège principal de la Rose-Croix… » Depuis cette époque, le rosicrucianisme s’est perpétué à travers divers mouvements, chacun transmettant son propre enseignement.
La Franc-Maçonnerie, de son côté, a fait son apparition au XVIIIe siècle, en Angleterre. L’un de ses textes fondateurs est la Constitution d’Anderson, qui fut rédigée en 1721 par le révérend James Anderson, à l’initiative de John Montagu, qui était alors le Maître de la Loge de Londres, fondée en 1717. Ce texte fut publié pour la première fois en 1723, après avoir été passé en revue par une commission de « frères érudits ». Considéré comme « la loi fondamentale de la Franc-Maçonnerie Universelle », il définit en plusieurs chapitres les « anciennes obligations des Maçons francs et acceptés ». Depuis, la Franc-Maçonnerie s’est elle aussi perpétuée jusqu’à nos jours et a donné naissance à divers mouvements, appelés généralement « obédiences ».
La plupart des historiens de l’ésotérisme s’accordent à dire que dès le XVIIIe siècle, certains Francs-Maçons s’inspirèrent de l’héritage rosicrucien, ce qui explique l’existence du degré Rose-Croix dans certaines obédiences actuelles. D’autres se sont démarqués du rosicrucianisme et ont élaboré leur propre doctrine spirituelle. D’autres encore ont opté pour une démarche plutôt socio-politique. Ces diverses tendances existent toujours au sein de la Franc-Maçonnerie, de sorte qu’elle est plus ou moins spiritualiste, selon les obédiences d’une part, et selon les Francs-Maçons qui les fréquentent d’autre part. À cela s’ajoute le fait que certaines sont mixtes, d’autres (plutôt) masculines, d’autres (plutôt) féminines.
Depuis toujours, l’Ancien et Mystique Ordre de la Rose-Croix est fondamentalement spiritualiste, totalement apolitique et résolument mixte. Par ailleurs, son enseignement, à la fois écrit et oral, est rigoureusement le même dans le monde entier. Pour ce qui est de ses relations avec la Franc-Maçonnerie, elles sont conformes à sa devise : « La plus large tolérance dans la plus stricte indépendance. » Il n’y a donc ni proximité ni antagonisme entre ces deux mouvements traditionnels, chacun œuvrant selon les règles, les moyens et les buts qui lui sont propres. Cela étant, tout comme il y a des Rosicruciens chrétiens, juifs, musulmans, etc., il y a des Rosicruciens francs-maçons, mais également martinistes.
